Рассмотрим сначала диаллельные ДНК маркеры. Мы видим, что образовались кластеры соответственно лингвистической классификации: «славянский» кластер – русские, украинцы, в который вошли изученные нами казаки; «абхазо-адыгский» кластер – адыгейцы, кабардинцы, черкесы, абхазы, абазины. Тюркские народы высокогорных районов Кавказа и нахско-дагестанские народы объединились в один генетический кластер. Этносы «степных тюрок» (ногайцы и караногайцы) образовали совершенно отдельный от остального древа кластер. Близость народов тюркоязычных горцев к горцам нахско-дагестанской группы, а не к «степным тюркам» соответствует антропоисторическим данным о формировании этих народов. Удивительно то, что кубанские казаки генетически оказываются совершенно в ином кластере, чем адыги.

Вот уже более 150 лет казачьи станицы и русские поселения расположены вперемешку с аулами адыгов. И, несмотря на это, различия между генофондами казаков и адыгов очень значительны - поток генов между ними не велик

Мультиаллельные ДНК маркеры в целом подтвердили полученный результат, хотя по ним изучен иной набор народов. Мы снова видим, что единый кластер с русскими и украинцами образовала популяция казаков. Абхазо-адыгские народы также образовали свой собственный кластер. А степные тюрки ногайцы и караногайцы вошли в общий кластер с башкирами.
При расчете по варианту А увеличение набора аллелей не привело к изменению полученной картины, что говорит о достоверности полученных результатов.

Современная этногеномика располагает значительным арсеналом генетических маркеров – это классические маркеры, аутосомные ДНК маркеры, однородительские ДНК маркеры, а также квазигенетические маркеры.

1.Классические маркеры (12 локусов): биохимические, иммунологические и физиологические
ACP1, ESD, HP, GC, TF, GL01, C3, PGM, ABO, RH, PTC, CER

2.Аутосомные ДНК маркеры (13 локусов):
Диаллельные – ACE, PV92, TPA25, FXIIIB, ApoA1, A25, B65, CCR5del32
Мультиаллельные – D1S80, ApoB, DM, SCA, DRPLA

3.Митохондриальная ДНК (37 гаплогрупп): секвенирование ГВС1 и ПДРФ

4.Квазигенетические маркеры:
Фамилии: 87256 человек, 7 народов
Родословные: 6 поколений – 9762 человек

Все перечисленные маркеры использованы нами для характеристики генофонда народов Западного Кавказа. Каждый из типов маркеров обладает собственной микроэволюционной траекторией. Их совокупность позволяет наиболее объективно прослеживать древние миграции, выявлять генетическое сходство и различие народов. Поэтому сравнение четырех типов маркеров – важная методическая задача нашей работы и этногеномики в целом на данном этапе ее развития.

Важным разделом популяционной генетики является изучение генетической структуры подразделенных популяций. Ведь именно в подразделенных популяциях протекает микроэволюционный процесс у большинства видов, включая человека.
Для решения этой задачи хорошим модельным объектом является генофонд народов Западного Кавказа. Он не только представляет собой высоко структурированную популяцию с множеством уровней, но и сам является важной региональной частью генофонда Евразии. Это позволило изучить дифференциацию популяций на четырех уровнях их организации:
1. региональный уровень – 17 регионов Евразии
2. этнический уровень – 62 народа Кавказа
3. внутриэтнический уровень – 4 племени адыгейцев, 689 человек
4. уровень элементарных популяций – 7 популяций, 448 человек

Для решения этих задач нами были проведены экспедиции и собраны образцы крови у 9 народов Кавказа, родословные на глубину от 3-х до 8 поколений, фамилии для 7 народов. Проведено генотипироваие мультиаллельных и диаллельных ДНК маркеров, создан банк данных и проведен весь статистический анализ.

Каждый народ изучен с учетом его истории и структуры расселения: обследован ряд населенных пунктов, различные субэтнические подразделения.

Репрезентативные выборки формировались по следующим критериям:
- сельские популяции со всего ареала этноса,
- не родственные индивиды,
- все предки обследованных в течение трех поколений родились в данном районе и относятся к данному этносу,
- 100 человек - средний объем выборки

Собраны биологические образцы:
- четыре типа образцов венозной крови,
- образцы букального эпителия,
- определены тип ушной серы (CER) и вкусовая чувствительность (РТС),
- путем опроса собраны данные о частотах групп крови АВО и Rh.

Синими кружками показаны изученные районы

Мультиаллельные ДНК маркеры в целом подтвердили полученный результат, хотя по ним изучен иной набор народов. Мы снова видим, что единый кластер с русскими и украинцами образовала популяция казаков. Абхазо-адыгские народы также образовали свой собственный кластер. А степные тюрки ногайцы и караногайцы вошли в общий кластер с башкирами.
При расчете по варианту А увеличение набора аллелей не привело к изменению полученной картины, что говорит о достоверности полученных результатов.

Теперь, оставаясь на том же этническом уровне, рассмотрим квазигенетические маркеры. Мы изучили фамилии 90 тыс. человек и оценили уровень случайного инбридинга в популяциях семи народов Западного Кавказа. Наименьший показатель инбридинга оказался у кубанских казаков, а максимальный - у абхазов. В целом различия в уровне инбридинга отдельных этносов достигают размаха двух порядков величины. Показатель случайного инбридинга позволяет прогнозировать груз наследственной патологии. Это важный итог нашей работы.

Генетические различия между коренным населением Кавказа (мажорные гаплогруппы G и J обозначены синим цветом) и восточными славянами  (мажорные гаплогруппы R1a и I обозначены красным цветом) очень четкие. Мы изучили две группы казаков Северного Кавказа. Оказалось, что кубанские казаки генетически неотличимы от русских и украинцев. А терское казачество вобрало в себя почти половину местных кавказских гаплотипов (синий цвет). Это тоже пример того когда генетика вносит новую информацию даже для тех событий истории, которые считаются хорошо документированными.