Первое время жители Черноярской относились к приходу Павлодольской церкви, а с 1835 года – к приходу Новоосетинской. Лишь в 1872 году была освящена станичная Николаевская церковь.
К станице Черноярской была приписана часовня на хуторе Муртазово, построенная в 1901 году.
29 января 1904 года состоялось освящение храма на Черноярском кладбище, построенном вдовой войскового старшины Дарьей Валаевой. С благословения епископа Владимира протоиерей Алексей Гатуев освятил храм с участием благочинного священника Павла Пшеницына и священника Вазиева. При этом пел хор учеников и учениц местной церковно-приходской школы под управлением приходского священника Александра Тускаева. Новый храм был во имя св. апостолов Петра и Павла.