Казаки принадлежат к древней Греческой Церкви в ее двух ответвлениях: Русском Православии и Старообрядчестве. Самые старинные христианские общины на нашей земле составляли часть Церкви Греческой с епископами и митрополитами Томи, Таны и Скифии Боспорянской. На эти кафедры их назначали Константинопольские патриархи, хотя некоторые из них рукоположены Грузинскими католикосами.
Во время власти Золотой Орды, христианские приходы кочевой степи находились в ведении епископов Сарайских, которые подчинялись тому же Константинопольскому патриарху, но уже через митрополитов Московских, хотя им и были предоставлены широкие автономные права. На севере Дона, "передел Червленого Яра" тоже крепко держался Сарайской епархии. Там уже в десятом веке проживало какое-то христианское племя В. Н. НД. Р., в котором можно угадывать Берендеев русских летописей. Московские митрополиты, начиная от Петра (1308-1326) безуспешно пытались изъять этот "передел" при реках Вороне и Хопре из ведения епископов Сарайских и Подонских, чтобы передать его в епархию Рязанскую. Тогда там проживал "народ христианский воинска чина (....) зовомии Козаци", имевшие "чудотворные иконы в церквах своих". По словам А. И. Ригельмана об этом известно из Краткой Московской летописи. Об этом же свидетельствуют Вкладные книги Донского монастыря в Москве и часовни на Лубянке там же.
Во время развала Золотой Орды, управление церковными делами Казаков перешло к митрополитам Крутицким, носившим также прежний титул епископов Сарайских и Подонских и считавшимся заместителями митрополитов Московских. От 1613 г., со времени царя Михаила Федоровича, связь Казаков с духовным главой, Московским патриархом, была установлена через Посольский Приказ. Днепровские же Казаки в эту эпоху имели верховными владыками Киевских митрополитов, поставленных Иерусалимским или Константинопольским патриархом. Церковные реформы Московского патриарха Никона вначале не отразились на духовной жизни Казачьей Церкви. Днепровские Казаки, вообще, стояли в стороне от московских событий и церковных разногласий, а все другие — оставались при старом обряде и при прежних Богослужебных книгах. Кандидаты в священники указывались Кругами, которые одновременно посылали патриарху их характеристику: "духовен, смирен и неупоен и нам Казакам он угоден". После этого патриарху оставалось только утвердить и благословить нового иерея. Роль духовенства сводилась исключительно к религиозному "окормлению" паствы, без права вмешиваться в политическую жизнь края.
Такую условную автокефалию Казачьей Церкви в 1718 г. уничтожил император Петр I, подчинивший ее общины ближним русским архиереям. Доном и Тереком ведали епископы Воронежские, которые однако еще сто лет после этого имели много хлопот с казачьим духовенством. Казачьи батюшки оставались тесно связанными со своими станицами и в церковных делах прежде всего считались с казачьим начальством, Кругами и атаманами. "Даже в конце XVIII века Синод получал жалобы Воронежского епископа на то, что Войсковой атаман А. И. Иловайский запрещает ему в отдельных случаях вмешиваться в духовные дела казачьих приходов, а причты их по прежнему определяются с утверждения "казачьего круга и старшин" (А. П. Пронштейн, Земля Донская в XVIII веке).
Для того чтобы прекратить постоянные пререкания между атаманами и русскими епископами, Указами 14 марта и 3 апреля 1829 г. на Дону была учреждена своя Новочеркасская епископская кафедра с подчинением ей приходов Сев. Кавказа. От этого времени атаманы и станицы могли разрешать все церковные дела на месте, а Старообрядчество во многих случаях изжито при помощи миссионерской деятельности русского духовенства, компромисной формой Единоверчества и некоторого давления свыше.
[Казачий словарь-справочник / под ред. А.И. Скрылова, г.В. Губарева в 3-х томах].
http://www.cossackdom.com/enciclopedic/encyclopedic.htm